Usare Let's Encrypt con Cloudflare

Ho un sito su cui ho attivato Cloudflare, e non sto avendo problemi.

Sullo stesso sito volevo usare Let's Encrypt per usare HTTPS.

Per installare Let's Encrypt ho seguito questa guida, ma al momento di creare il certificato, il programma mi dava errore.

Questo perchè cercava di connettersi all'IP di Cloudlfare, che invece non permette un accesso diretto.